Un espacio de conservación de tipo referencial, que es fundamental para los otros espacios mencionados, corresponde al Herbario Nacional. Este conserva los ejemplares disecados desde 1828. Desde esa fecha, el Herbario Nacional ha incrementado paulatinamente sus registros, y hoy en día cuenta con 146.903 ejemplares incluyendo hongos, algas, líquenes y plantas (briófitos y vasculares). Las plantas vasculares constituyen la principal colección, pues consta de 96.664 ejemplares.

Actualmente, con la información de los ejemplares es posible construir bases de datos con información del colector, la fecha de recolección, el sustrato, y lo que es muy importante, la localidad exacta donde fue encontrada una especie. Las localidades de recolección pueden ser ingresadas a un Sistema de Información Geográfica, que permite visualizar la distribución de las especies.


Asimismo, es posible afinar el análisis en cuanto a correlaciones espaciales entre la distribución de las especies amenazadas y las áreas silvestres protegidas. De esta forma, el material que conserva el Herbario Nacional permite apoyar las decisiones de organismos nacionales e internacionales para la conservación de las especies. Es por esto que cada vez es mayor el número de investigadores y profesionales de la conservación que recurren a las colecciones, pues requieren de gran cantidad de datos de distribución geográfica y ecológica, evidencia de reproducción, abundancia relativa y generalidades biológicas sobre especies vulnerables o en peligro, así como listas florísticas de áreas casi desconocidas o prioritarias para su conservación. Los museos y sus colecciones, en este caso el Herbario Nacional, se vuelven la herramienta indispensable en el estudio y conservación de la diversidad biológica.

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